1、从生态环境角度考虑。要求育苗基质基本上不含活的病菌、虫卵，不含或尽量少含有害物质，以防其随苗进入生长田后污染环境与食物链。为了符合这个标准，育苗基质应经发酵剂快速发酵，达到杀菌杀毒、去除虫卵的目的。

2、育苗基质应有与土壤相似的功能。从营养条件和生长环境方面来讲，基质比土壤更有利于植株生长。但它仍然需要有土壤的其他功能，如利于根系缠绕以便起坨)和较好的保水性等。

3、育苗基质以配制有机、无机复合基质为好。在配制育苗基质时，应注意把有机基质和无机基质科学合理组配，更好地调节育苗基质的通气、水分和营养状况。

4、选择使用当地资源丰富、价格低廉的轻基质。在应用穴盘育苗技术时，如何选择育苗基质是关系到育苗成本和育苗质量的首要问题。在通常情况下，应充分挖掘和利用当地适合穴盘育苗的轻基质资源，降低育苗基质成本，从而降低穴盘苗的销售价格。根据各地实际情况，选用炭化稻壳、棉籽壳、锯末、蛭石、珍珠岩等价格低廉基质作穴盘育苗基质。