育苗基质的选择是穴盘育苗成功与否的关键因素之一，目前用于穴盘育苗的基质材料，除了草炭、蛭石、珍珠岩外，蘑菇渣、腐叶土、处理后的甘蔗渣、酒糟、锯末、玉米芯等均可作为基质材料。

草炭分为水藓草炭和灰藓草炭两种。水藓草炭多为深位草炭，pH3.0～4.0之间，表层蜡质，亲水性较差；灰藓草炭为浅位草炭。pH5.0～5.5，因为表层蜡质少，故亲水性较好。如果选用水藓草炭作育苗基质，需在混拌基质过程中加入表面活化剂一类的亲水剂，目前国内所选用黑龙江省桦美泥炭公司（中美合资）和吉林省舒兰县泥炭公司生产的草炭均属浅位灰藓草炭，pH5.0左右，不加亲水剂即可使用。

蛭石是云母矿石在800～1100℃条件下加热膨化而成，发泡好的蛭石有明显的颗粒片层，比重轻，透气性好，具有很强的保水能力[8u58药材网www.8u58.com]，钾的含量相当高，无土育苗时，草炭与蛭石的配比为2∶1或3∶1，播种之后的覆盖料全部用蛭石。根据蛭石粒径大小不同分类编号，无土育苗大多选用粒径2～3毫米的园艺2号，我国蛭石生产厂家较多，特别是河北灵寿县蛭石的年产量很高，但至今尚未有专为农业用的产品。

珍珠岩是由火山灰岩高温发泡制成，pH7.0～7.5。珍珠岩不具有保水能力，加入基质后能增加其透气性，可减少基质水分含量，有些品种花卉如矮生牵牛等育苗时基质中的珍珠岩含量占30%，选购珍珠岩时应注意其质量，应选择粒径2～3毫米，灰分少，洁白的珍珠岩作育苗基质。